Période 1949/1971

L'éloignement, les difficultés de déplacements et la rareté du matériel ne favorisent pas cette alliance. Finalement, les Haut-Jurassiens décident de voler de leurs propres ailes en créant le Spéléo-Club San-Claudien (S.C.S.C) en janvier 1949.

Fort d'une douzaine de membres, ce groupe va écumer les grottes et gouffres du Haut-Jura et peut revendiquer un nombre impressionnant d'explorations en "premières" souvent effectuées avec des moyens de fortune : cordes de chanvre, échelles de cordes et éclairage "fabrication maison". Tous les déplacements ne se font qu'à pied ou à vélo, ce qui limite le périmètre d'action à quelques dizaines de kilomètres seulement.

En 1950, le club va connaître un tournant avec l'arrivée de Jean Colin. Ce dernier sera pendant plus de vingt ans le meneur et le scientifique du groupe. En marge des seules explorations les activités du club vont s'étendre à plusieurs domaines rattachés : géologie, biologie souterraine, topographie, archéologie etc.

Durant toutes ces années, le "Père Colin", figure charismatique, va mettre tout son talent pour publier les diverses activités du club dans un bulletin annuel : "L'Echo des Cavernes". Ces vingt fascicules relatent de façon très vivante et détaillée les explorations et péripéties du groupe. Plusieurs centaines de topographies et dessins à la plume agrémentent les textes et font de ce bulletin un véritable chef-d'œuvre ignoré. La vaste diffusion de cette feuille de liaison et la notoriété de son auteur vont apporter une renommée nationale, voire européenne au club de Saint-Claude.

Dans le même temps l'effectif du club se stabilise à une vingtaine d'adhérents dont une bonne part de jeunes. Un local est mis à disposition par la Ville de Saint-Claude au-dessus du marché couvert de la Grenette
Cette période se termine en 1971 avec le choc de la disparition de Jean Colin.